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短信被拦截是否会扣费取决于拦截的方式和短信服务类型。如果短信是通过短信服务供应商发送的，那么即使短信被拦截，仍然会按照短信服务供应商的规定收取费用。但如果使用的是某些拦截软件或功能拦截的短信，通常不会额外扣费。至于微信方面，如果因为短信验证等被拦截导致微信无法接收验证信息，可以尝试以下方法解决。
1、检查拦截设置：检查手机拦截软件或设置，确保微信相关的短信没有被误拦截。
2、确认短信费：联系手机运营商或微信客服确认短信费用情况，如果确实存在不必要的扣费，可以申请退费。
3、更改联系方式：如果手机号码存在问题，可以考虑更换手机号码并重新注册微信。
仅供参考，必要时可以咨询微信客服或运营商客服了解更多信息，同时请注意，某些短信验证等服务对账户安全至关重要，确保能够安全、准确地接收这些短信。